电化学抑制器分为三个室，分别为两膜之间的抑制室和膜两侧的阳极再生室、阴极再生室。再生室中装有电极，通过电解水产生H+或OH-来满足化学抑制器所需的离子，而后，离子在电场的作用下，阳极产生的H+透过阳离子交换膜进入抑制室，而抑制室淋洗液及样品中的阳离子透过阳离子交换膜进入阴极室，这样就将抑制室中的淋洗液及样品全部转化成为相应的酸。